2005年，中共中央办公厅、国务院办公厅转发建设部等单位《关于完善在京中央机关和国家机关住房制度的若干意见》的通知（厅字[2005]8号），国家关于住房补贴的发放政策发生变化，住房补贴的标准相应提高。为贯彻执行好国家新的住房补贴发放政策，2006年6月，学校重新调整了学校住房制度改革工作小组。9月，根据《在京中央和国家机关住房补贴调整实施办法》（国管房改[2006]164号文件）等文件精神和要求，工作小组开始对国家新的住房补贴发放政策进行研讨。10月，我部进行补贴调整的前期准备工作，根据新政策的要求对有关住房调查表格和补贴申请核算表格进行修改完善，重新印制了《中央在京单位职工住房情况登记表》和《北京大学教职工住房补贴申请审核表》，并根据校人事部提供的事业编制人员名单制作了各单位发表名单，以及相关说明材料和通知。部领导还专门召集相关部内人员会议，布置全校教职工填表工作的分工和要求，并组织了相关工作人员的培训。11月，结合学校实际情况，工作小组拟定《北京大学教职工住房补贴调整实施办法》，计划对我校的住房补贴发放制度进行相应的调整。2006年12月12日，《北京大学教职工住房补贴调整实施办法》经校长办公会讨论通过正式颁布实施。 11月1日，我部在图书馆北配楼召开全校“住房补贴发放工作布置暨宣传会”，各单位行政办公室负责人参加了会议。会议布置全校共8875名教职工填写《中央在京单位职工住房情况登记表》和《北京大学教职工住房补贴申请审核表》的有关工作，同时对最新国家房改政策进行宣传讲解。 此次的住房补贴发放工作涉及教职工人数多达8875名，时间紧、任务重，在保证日常各项工作顺利进行的同时，我部全体职工加班加点地进行表格、资料的整理、审核工作，以确保此次住房补贴发放工作的顺利进行。12月18日－25日，我部对符合发放住房补贴资格的5906名教职工进行了名单公示，同时对合格人员的补贴金额进行核算。截至2006年12月31日，学校财务部已根据实际资金情况将住房补贴随工资发放给教职工，共计发放4377名，补贴金额约6880万元。